Onder andere de rimpel-effecten in het water zijn verdwenen en de grafische effecten van de wapens zijn minder uitgebreid. Ontwikkelaar Retro Games heeft nog niet gereageerd op de kritiek.
Censuur
Van de Metroid Prime Trilogy werd recentelijk ook bekend dat er lichte censuur was toegepast op de dialogen uit het derde deel uit de serie. Waar eerst in een tu enfilmpje "Damn" werd gebruikt is nu het woord "No" in de plaats gekomen.De Metroid Prime Trilogy bevat de games Metroid Prime en Metroid 2: Echoes – die oorspronkelijk voor GameCube verschenen – en Metroid Prime 3: Corruption. De GameCube-titels zijn voor deze trilogie voorzien van breedbeeldondersteuning en hebben een nieuwe besturing gekregen met Wii-mote en Nunchuk.