Yoshio Sakamoto en Yosuke Hayashi van Team Ninja leggen uit dat ze getracht hebben de spelelementen die fans van de serie graag zien te behouden, maar dat ze het wel anders benaderd hebben. Dit heeft de ontwikkelaar bewust nagestreefd om zo de spelers te kunnen verrassen.

Sakamoto vertelt: "Eén van de grote verschillen tussen Metroid: Other M en eerdere spellen uit de serie is de nadruk op het verhaal, wat wellicht leidt tot een iets minder eenzame sfeer in het spel. Ik denk dat de essentie van de Metroid-serie iets heel moois is, maar dat het in iedere game toch weer net iets anders tot uiting komt. Als je bijvoorbeeld kijkt naar Super Metroid, dan zie je dat die game zich met name kenmerkt door stilte. Other M is veel meer een robuuste adventure game, dat gedreven wordt door het feit dat spelers willen weten hoe het verhaal afloopt."

Sakamoto laat tenslotte weten dat Team Ninja als deel van het ontwikkelingsproces voor Metroid: Other M onderzoek heeft gedaan naar het algemeen geldende beeld dat mensen van Samus hebben.