Mega Man Legends 3: Prototype Version dient als voorproefje op Mega Man Legends 3 en is bij de lancering van de eShop voor Nintendo 3Ds verkrijgbaar voor enkele dollars. In welke gebieden de game precies uitkomt is nog onbekend. In Prototype Version neemt de speler niet de controle over van Mega Man, maar het vrouwelijke personage Barret. In de ruim tien missies moeten spelers geëxplodeerde ruïnes onderzoeken en tegen grote Reaverbots vechten.

Wanneer ze niet met een missies bezig zijn, kunnen spelers gaan en staan waar ze willen om de wereld te ontdekken. Verder bevat het spel, voor het eerst in de Mega Man Legends-reeks, getekende scènes die volgens de ontwikkelaar vergelijkbaar zijn met "bewegende storyboards". Hiermee wordt het verhaal vertelt tussen evenementen in het spel.