In Flip's Twisted World komt tovenaarsleerling Flip door verkeerd gebruik van een magisch voorwerp in een rare wereld terecht. Een wereld in de vorm van een kubus. In de kubus is niets wat het lijkt. Het ene moment loop je op een pad terwijl het andere moment het pad verandert in een plafond. En waar eerst het plafond zat, zit ineens het pad.

Om uit de kubus te komen, moet Flip vijf verschillende werelden doorkruisen, op zoek naar de uitgang. Met de Wiimote kunnen spelers de wereld draaien om zo het juiste pad te vinden. De muziek in de game wordt verzorgd door Tommy Tallarico, die tevens de muziek verzorgde voor Prince of Persia, MDK en Metroid Prime.