De producent van de game, Shintaro Kojima, verklaart tegenover Famitsu dat hij van Ex Trooper een shooter wil maken voor nieuwe spelers in het genre. De game speelt zich wel af in het Lost Planet-universum, maar kan volgens hem ook als losse game gespeeld worden.

Ex Troppers vertelt over de gevechten tussen de sneeuwpiraten en de buitenaardse Akrid op de planeet EDN 3. De game heeft een schoolthema en draait om de van EDN 2-afkomstige student Bren Turner, die aankomt op de academie. Op EDN 3 zijn er drie basissen, elk met unieke eigenschappen. De speler kiest er een als zijn thuisbasis, andere studenten op de academie wonen in de overige basissen.

Naast Bren bevat Ex Troopers in ieder geval de personages TeeKee, een vrouwelijke sneeuwpiraat die kan communiceren met de Akrid, en Gingira, een Vital Suit met geavanceerde kunstmatige intelligentie die kan communiceren met zijn bestuurder. Het verhaal wordt verteld middels tussenfilmpjes in manga-stijl.