In Layton Brothers: Mystery Room neemt de speler de rol op zich van Alphendi Layton, Professor Laytons zoon. Het is de bedoeling dat hij of zij, als aangesteld detective voor Scotland Yard, verschillende mysterieuze misdaden oplost met zijn beginnende partner Lucy Creila. De speler krijgt tevens ook de vrijheid om te kiezen uit een lijst met gerapporteerde misdaden.

De game was oorspronkelijk in 2009 aangekondigd voor Nintendo DS onder de naam Mystery Room en gepland voor een release in 2010. Na meerdere aankondigingen werd het project stopgezet tot afgelopen weekend bekend werd gemaakt dat de game op het iOS-platform wordt uitgebracht. Wanneer Layton Brothers: Mystery Room verschijnt, is nog niet bekend.