Kenmerkend aan El Shaddai is de unieke grafische stijl, met bijzonder kleurgebruik en schilderachtige filters. Om de grafische stijl goed uit de verf te laten komen, kent El Shaddai geen gebruikersinterface. Het spel is bedacht door Sawaki Takeyasu, die eerder Devil May Cry en Okami op zijn naam schreef.
El Shaddai: Ascension of the Metatron inspireert zich op het Oude Testament. El Shaddai vertelt het verhaal van Enoch, een engel die naar de aarde is gekomen om te bemiddelen tu en God en de gevallen engelen die hun leven als stervelingen voortzetten op aarde. God wil de aarde laten overlopen in een stormvloed, zodat alle gevallen engelen ten onder gaan. Aan Enoch de taak om de engelen op te sporen om zo de stormvloed te voorkomen. Het spel heeft een actief vechtsysteem dat zowel simpel als diepgaand moet zijn.
