In de originele game, gingen kisten weer dicht als spelers een rupee uit een kist haalden maar deze niet konden dragen omdat hun portemonnee vol zat. In de HD-versie blijven kisten open en leeg.
Dit heeft als voordeel dat spelers die maps van plekken en kerkers waar ze al zijn geweest bekijken, niet meer dichte kisten zien en dus ook niet overwegen om terug te keren naar de plek om uiteindelijk alleen maar rupees te vinden.
Verder zijn de controls voor zwemmen en het besturen van Epona tevens verbeterd. De HD-versie van de Wii- en GameCube-game verschijnt op 4 maart op Wii U.