Kill Strain heeft een aantal unieke aspecten die voor een compleet nieuwe ervaring gaan zorgen. De speler speelt met een team bestaande uit vier personen tegen een opponerend team. Vervolgens plaatst de game een derde team bestaande uit twee mutanten in hetzelfde spel. Zij kunnen op hun beurt andere spelers veranderen in mutanten. Op die manier worden spelers gedwongen om van team te wi elen.
Op het moment dat de basis van een menselijk team is verwoest eindigt het spel en wint het opponerende team. Wanneer iedereen is veranderd in een mutant of de tijd simpelweg om is 'wint' het mutantenteam.