In Borderlands 2 ligt de nadruk op een duidelijkere koppeling tussen verhaal en missies, en daarin past het dat missies soms veranderen afhankelijk van de keuzes die de speler maakt, aldus Burch. Wel is het zo dat de overkoepelende verhaallijn vaststaat, dus de uitkomst van de missies staat vast, ongeacht de manier waarop de missie verloopt.