Kyotokei draait om het wisselen tussen de kleuren blauw en rood. Blauwe vijanden doen alleen schade als spelers zelf rood zijn, en andersom. Ook laten ze, wanneer verslagen, kogels achter in hun kleur. Deze kunnen geabsorbeerd worden, mits spelers dezelfde kleur hebben. In het andere geval moeten ze ontweken worden. Ikaruga had een zeer vergelijkbaar spelsysteem, maar werkte met de kleuren wit en zwart.

Kyotokei is alleen of coöperatief te spelen en kent vijf verschillende levels, ieder afgesloten door een eindbaas. Ook is er ondersteuning voor zowel de Classic Controller als die van de Nintendo GameCube. De game kost 500 Wii-punten. Het is nog niet bekend of het spel ook naar het Europese WiiWare-kanaal komt.