Het 3D-effect kost extra kracht. De gevechten in de game met honderden vijanden zijn alleen mogelijk op de 3DS wanneer het 3D-effect niet aanstaat. De New 3DS heeft echter krachtigere technologie in zich, waardoor het op dat systeem wel mogelijk is om de game met 3D-effecten te spelen.
De 3DS-versie krijgt ook extra speelbare personages in de vorm van Toon Link, Tetra en de King of Hyrule. De personages komen ook in de Wii U-versie beschikbaar via downloadbare codes die bij de 3DS-versie bijgesloten zitten.
Verder wordt de 3DS-versie nagenoeg hetzelfde als de Wii U-editie. De game moet ergens in 2016 verschijnen.