The Witcher 3 heeft drie verschillende eindes, die ieder uitmonden in een unieke epiloog van een uur. Het achtergrondverhaal van hoofdpersoon Geralt blijft voor iedereen gelijk, maar afhankelijk van de aanwezige savegames, keren bepaalde personages uit eerdere Witcher-games terug en reageren ze op een bepaalde manier op Geralt.
Spelers krijgen er in The Witcher 3 ook wat nieuwe bewegingen bij. Zo kunnen ze nu springen en klimmen en kunnen paarden getemd worden met de Axii-spreuk. In gevechten is er een systeem waarbij verschillende lichaamsdelen in slow-motion geselecteerd en aangevallen kunnen worden.
Dynamische economie
In het derde deel bezoeken spelers de wereldhoofdstad Novigrad, de Skellige-eilanden en een door oorlog aangetaste woestenij. De economie van de spelwereld wordt beïnvloed door hoeveel objecten op dezelfde plek worden gekocht of verkocht. Er is wederom een dag-nachtcyclus aanwezig en daarnaast beïnvloedt het weer de locaties die bezocht kunnen worden en welke monsters er verschijnen.