Net als de Xbox 360-versie van Guitar Hero II, geeft ook Guitar Hero III op verschillende consoles problemen. De problemen van de Guitar Hero III gitaar lijken bij de fret-knoppen te liggen die niet altijd werken. Met deze knoppen kun je kiezen welke toon je aanslaat in het spel, en daarom is het essentieel dat de knoppen goed werken. Er wordt gedacht dat het probleem door de verwisselbare nek van de gitaar komt, maar dit is nog maar speculatie.

Bij Guitar Hero II was het nog de whammy-bar die dienst weigerde, maar met behulp van een elastiekje weer goed werkte.  Later werd het probleem via een software update hersteld. Vooralsnog is er geen officiële reactie van Activision of RedOctane, maar die zal ongetwijfeld niet uit blijven.