De game speelt zich zeventien jaar na de gebeurteni en in Final Fantasy 4 af, de zoon van King Cecil en Queen Rosa is inmiddels opgegroeid. Een tweede maan doemt op en bedreigt de vrede op de Blue Planet met hordes monsters. Die maan heeft effect op aanvallen en abilities in gevechten.
De game is opgedeeld in tien speelbare hoofdstukken. Het doorspelen van Ceodore's Tale geeft toegang tot zes andere personages, welke toegevoegd kunnen worden aan het team. Dit team wordt sterker door de 'Band'-abilities vrij te spelen middels events en het bevorderen van de Affinity-levels van personages.
Final Fantasy 4: The After Years kwam in 2008 uit voor mobiele apparaten. De remake is volledig in 3D vormgegeven en bevat een nieuwe openingsfilm en Steam Achievements. De game is nu beschikbaar als pre-order op Steam met 10% korting op de oorspronkelijke prijs van €14,49.