Spelers kunnen via de Nintendo Wi-Fi Connection het alleen lokaal opnemen tegen een vriend. Daarbij kunnen ze voetballen met twee teams van elf spelers, of straatvoetballen met teams van vijf. Wel zegt producent Matt Prior dat toekomstige FIFA-games op 3DS mogelijk wel een onlinemodus krijgen. Ook de functionaliteiten StreetPass en SpotPass maken niet hun opwachting in de 3DS-versie van FIFA 12.

FIFA 12 krijgt een vernieuwde touchscreenbesturing, waarmee spelers de bal op het onderste scherm kunnen zien vanuit het perspectief van de voetballer. Dit biedt spelers de mogelijkheid de bal makkelijker langs een muur te schieten en de bal meer effect te geven. FIFA 12 heeft volgens EA het grootste aanbod aan features ooit in een door EA Sports ontwikkelde handheld-voetbalgame.