"Je kan er nu voor kiezen om de baas te verslaan door een niet-dodelijke takedown uit te voeren", zo legt producer Marc-Andre Dufort uit. "Je kan hem ook van een afstand doden en je kan hem zelfs vermoorden zonder dat hij je gezien heeft." Dufort vertelt verder dat het eindbaasgevecht voor minder frustratie bij spelers moet zorgen, iets wat bij de bazen in de hoofdgame een veelgehoord kritiekpunt was. 

Eerder werd bekend dat niet Eidos Montreal, maar de studio Grip Entertainment verantwoordelijk was voor de eindbaasgevechten in de hoofdgame. De CEO van Grip Entertainment, Paul Kurszewski, gaf in een interview toe dat de gevechten moeilijk waren om te maken en dat hij voor het aanvangen van het project "niet veel wist van de wereld van Deus Ex". The Missing Link, dat volgende maand wordt uitgebracht, is enkel door Eidos Montreal ontwikkeld.