Net als in het eerste deel draait De Blob: Underground om het laten rondstuiteren van een flexibel bolletje verf om verschillende objecten en gebouwen van een kleurtje te voorzien. Eerder werd bekend dat De Blob: Underground zich kenmerkt door een modus voor twee spelers en nieuwe tweedimensionale levels.

Vakantie

Vanzelfsprekend is ook het verhaal in de game compleet nieuw. In Underground zijn de Blob en Pinky op vakantie op Paradise Island, totdat de Blob er lucht van krijgt dat er iets niet pluis is in Prisma City. Comrade Black, de slechterik in de game, heeft het riool laten overspoelen, waardoor heel Prisma City grijs is geworden en de speler alle kleur weer moet herstellen.