In Crysis 3 speelt Prophet van het tweede deel opnieuw de hoofdrol. Hij keert terug naar New York en treft daar een stad aan die omhuld wordt door een zogeheten Nanodome, wat ervoor gezorgd heeft dat de natuur zijn vrije loop heeft gekregen. Het New York van Crysis 3 kent daarom moerassen, bomen en "woeste rivieren".

Binnen deze Nanodrome zijn er zeven afzonderelijke omgevingen die bekendstaan als de Seven Wonders. Prophet moet hierin zien te overleven en krijgt hiervoor een futuristische boog mee, een "verbeterd" nanosuit en kan gebruikmaken van "verwoestende" buitenaardse technologie.

Hunter Edition

EA kondigde voor Crysis 3 alvast een pre-orderversie aan, de Hunter Edition. Deze geeft eerder toegang tot de boog die een rol speelt in het spel en biedt extra functionaliteiten voor de nanonsuit. Ook krijgen spelers die de Hunter Edition aanschaffen een bonus voor hun ervaringspunten binnen de multiplayer van het spel, tot level 5. De Hunter-editie is te pre-orderen via Origin.