De Collector's Edition bevat een beeldje van Adam Jansen, de Explosive Mission Pack: een missie met een gastoptreden van een van de oorspronkelijke Deus Ex-personages, een aantal exclusieve in-game wapens, tienduizend extra credits om in de game wapens mee te kopen of te upgraden, een artbook van veertig pagina's en een dvd met een making-of van ruim veertig minuten, de soundtrack, een interactieve comic, de E3-trailer en geanimeerde storyboards.