Volgens Moriya ontstond er een conflict in het ontwikkelteam toen de programmeurs de bugs wilden oplo en. Volgens medewerkers die de originele game hadden gespeeld op Nintendo 64 zijn de bugs juist leuk, omdat gamers er met hun vrienden over praten. Daarom is besloten ze te laten zitten.
Een aantal bugs die de game te heftig beïnvloedden zijn wel uit de code verwijderd. "Maar we hebben er zoveel mogelijk in laten zitten, dus mensen zullen daarover lachen", zegt Moriya. Eén van die bugs zorgt ervoor dat Link al vanaf het begin van de game de Master Sword kan gebruiken. Een andere maakt het mogelijk om honden te temmen op het marktplein.