De game draait om een vijftal bevriende boomwezentjes die op avontuur gaan om het laatste gezonde zaadje van de boom waarin ze wonen, te redden. Deze boom strekt zich uit over 150 schermen. Botanicula is volgens Amanita Design simpeler in zijn opzet dan Machinarium. Of er net als bij die game ook in een later stadium een iPad-versie verschijnt, is niet bekend.