Minerva's Den, dat vorig jaar in augustus uitkwam voor PlayStation 3 en Xbox 360, is een losstaand verhaal dat plaatsvindt in het Bioshock 2-universum. In dit verhaal nemen spelers de controle over van een nieuwe hoofdrolspeler die samen met Dr. Tenenbaum Rapture wil bevrijden.

Naast nieuwe omgevingen, wapens en plasmids komt de speler nieuwe tegenstanders tegen, Splicers, die "de kracht hebben om de elementen te controleren". Minerva's Den kost op het moment 7,99 euro voor PlayStation 3- en 800 Microsoft-punten voor Xbox 360-bezitters. De prijs van de PC-versie is nog onbekend.