Met de level-editor krijgen gamers de mogelijkheid om hun eigen Super Meat Boy-levels te creëren en delen met andere spelers. Ook is het mogelijk hele hoofdstukken zelf te maken door meerdere levels met elkaar te combineren. Spelers moeten echter eerst hun zelfgemaakte level doorspelen om te bewijzen dat het daadwerkelijk haalbaar is.

Tevens is het mogelijk om in de level-editor gebruik te maken van alle speelbare personages, zelfs al zijn deze nog niet vrijgespeeld. Team Meat wijst erop dat de editor nog in de bètafase zit waardoor problemen en foutmeldingen mogelijk zijn. De Mac-versie wordt nog ontwikkeld; een Xbox Live-versie is uitgesloten.