Door de schroefjes onderaan het apparaat los te draaien krijgt de gebruiker toegang tot de batterij, die vervolgens verwijderd en vervangen kan worden. Nieuwe batterijen worden los verkocht. Dit kan nodig zijn na vijfhonderd keer opladen. Volgens Nintendo kan de gebruiksduur van de batterij dan verkort zijn tot zeventig procent van de oorspronkelijke duur. 

Batterijduur

Wanneer mensen de 3D-modus van het apparaat hebben aanstaan, gaat de batterij drie tot vijf uur mee na volledig opgeladen te zijn. Dit wordt langer wanneer gamers de 3D-functie uitschakelen. De batterijduur is mede afhankelijk van de intensiteit van het algemene gebruik en lichtintensiteit van het scherm. De batterij van de 3DS wordt in 3,5 uur volledig opgeladen.