Spelers die data van een ander spel op de Amiibo willen opslaan, wanneer deze al data bevat, moeten de oude data via de Wii U wissen in de Amiibo-instellingen.

Vooralsnog is alleen bekend dat Super Smash Bros. Wii U data op de Amiibo-figurines zet. Amiibo's met data kunnen wel gescand worden in games die geen data op de Amiibo zetten, zoals in Mario Kart 8, waar de Amiibo's nieuwe outfits toevoegen.

Nintendo heeft onlangs Amiibo-ondersteuning toegevoegd middels een Wii U-update. Uiteindelijk moeten de Amiibo's ook werken met Nintendo's 3DS. De figuurtjes werken nu nog maar met een aantal games, maar Nintendo is wel in gesprek met derde partijen om Amiibo-ondersteuning toe te voegen aan andere Wii U-spellen.