Hiermee worden de geruchten die de ronde deden over een mogelijk uitstel van de game naar 2010 bevestigd. Waarom het spel pas in 2010 in de winkels moet verschijnen en of dit te maken heeft met de negatieve productevaluatie van Sony, is niet bekendgemaakt.
In Alpha Protocol gaan spelers aan de slag met de onervaren spion Michael Thorton. Via uitgebreide gespreksopties en talloze gadgets kunnen spelers vervolgens de ultieme spion creëren die niet onder doet voor een James Bond of Jason Bourne.