Jekyll & Hide: The Secret of London Undergrounds volgt niet het verhaal van het boek, maar gebruikt wel de personages en setting. Jekyll & Hide moeten het geheim van de wereld onder Londen zien te ontrafelen, een mysterie dat de speler zal leiden naar een oude sekte. Om die reden hebben alle puzzels verband met de Griekse mythologie.

The Secret of London Undergrounds mixt het avontuur met enkele lichte actie-elementen. Er moet geregeld gewisseld worden tussen de beide hoofdpersonages, met elk hun eigen vaardigheden, om puzzels op te lossen. Door in het laboratorium drankjes te mixen, is het mogelijk nieuwe vaardigheden aan te leren.