Beide games krijgen een online modus, waarin gekozen kan worden tu en 'for fun' en 'for glory'. For fun houdt alleen de gewonnen potjes bij en bevat alle items en random arena's. For glory vindt alleen plaats op Final Destination-versies van stages, heeft geen items en houdt alle gespeelde potjes bij. Omdat het volgens Nintendo niet leuk zou zijn om leaderboards te hebben met vele duizenden spelers, krijgt elke speler online een 'Global Smash Power'-score, die bijhoudt hoeveel tegenstanders hij of zij heeft verslagen.
De 3DS-versie krijgt een exclusieve modus genaamd Smash Run. Hierin doorlopen maximaal vier spelers een grote dungeon waarin in vijf minuten power-ups verzameld kunnen worden. In de modus zitten allerlei vijanden, items en omgevingen uit diverse Nintendo-games. Aan het einde van de vijf minuten vechten de vier spelers het uit met de verzamelde power-ups.
Personages en stages
Beide games hebben dezelfde personages. Nintendo kondigde de Pokémon Greninja en Charizard als nieuwe speelbare personages aan, terwijl Yoshi, Zero Suit Samus en Sheik weer terugkeren. Beide games krijgen een aantal gelijke en unieke stages. Zo heeft de Wii U-versie arena's gebaseerd op Mario Galaxy, Zelda: Skyward Sword, Wii Fit, Mega Man en Pilotwings. De 3DS-versie heeft stages gebaseerd op Super Mario 3D land, Rainbow Road en Balloon Fight.