"Nadat  het Nintendo 3DS-systeem is bijgewerkt, kunnen bestaande of toekomstige ongeoorloofde technische modificaties van de hardware of software van je Nintendo 3DS-systeem, of het gebruik van ongeoorloofde apparatuur met je systeem, tot gevolg hebben dat het systeem permanent ophoudt te functioneren", waarschuwt de handleiding. "Content die terug te voeren is op ongeoorloofde modificaties van de hardware of software van je Nintendo 3DS-systeem kan worden verwijderd. Als je deze update niet accepteert, kan dit tot gevolg hebben dat spellen onspeelbaar worden." 

Volgens geruchten zou de Nintendo 3DS in een logbestand opslaan wanneer er gebruik wordt gemaakt van een flashkaart. Deze kaarten worden veelal gebruikt voor het afspelen van illegaal verkregen games. Eind februari werd bekend dat de bekende R4-flashkaart reeds gebruikt kan worden om Nintendo DS-games op de 3DS af te spelen.