In Alien vs. Predator kruip in de rol van een soldaat, een alien of de Predator. Het verhaal speelt zich af op planeet BF-386, waar onderzoekers een geheimzinnige piramide hebben ontdekt. Om het geheim van dit bouwwerk te bewaren gaan sommige rassen echter heel ver. De game biedt drie solocampagnes en multiplayermodi waarin de drie rassen tegenover elkaar komen te staan.