In Prototype neem je de rol van Alex Mercer, die door een mysterieus virus bovennatuurlijke krachten heeft gekregen. Manhattan Island is in quarantaine terwijl het virus steeds meer inwoners van de stad infecteert tot monsters, die het toevallig allemaal hebben op jou hebben gemunt. Alex moet op zoek gaan naar de waarheid achter zijn situatie en kan zijn verleden langzaam maar zeker ontrafelen door gedachten van verslagen vijanden te absorberen. Onderstaande trailer laat zien wie Alex allemaal op zijn pad tegenkomt.