Ground Control 2: Operation Exodus speelt zich af in het jaar 2741 en plaatst de speler in het heetst van de strijd in een patstelling tussen de NSA en de Terran Empire. Het keizerrijk wil de laatste planeet zo snel mogelijk onder controle krijgen om zo volledige dominantie in de sector te waarborgen. Een grond oorlog breekt wederom uit. Wederom, omdat het in het verleden al eens eerder is voorgekomen. Een tijdlijn met alle belangrijke gebeurtenissen volgt. Het verleden: 2093: De mensheid wordt bijna uitgeroeid tijdens de 16 minuten oorlog. 2110: De Order of the New Dawn verliet als eerste de nucleaire schuilkelders en begon met de wederopbouw van de beschaafde wereld. De Order werd gevolgd door verschillende grote ondernemingen, waaronder de Crayven Corporation. 2207: De uitving van de FTL-Drive geschiedt. Hiermee is de mensheid in staat de ruimte te koloniseren. Reisafstanden van maximaal 10 lichtjaren per dag zijn ineens mogelijk, maar de FTL-technologie kon helaas niet gebruikt worden om het melkwegstelsel via de buitenste ring te verlaten. 2208-2398: De mensheid slaagt erin om een aantal onbewoonbare planeten geschikt te maken voor menselijke bewoning. Hierdoor worden twee groepen kolonies gesticht, de Inner en de Outer Sphere, die door elkaar worden gescheiden door de Henrich Barrier. Deze Barrier is een keten van Hadron-deeltjes die alle signalen verstoort die niet op tachyon zijn gebaseerd. Om dit effect op te heffen en communicatie tussen de gebieden mogelijk te maken, wordt een gordel van tachyon communicatie stations gebouwd. 2399: Het keizerrijk Draconis wordt gevormd door Marcus Augustus als de eerste onafhankelijke planeet, Draconis-5 zich aan de Aarde de rug toekeert. Uit angst een grote oorlog te ontketenen, onderneemt de Aarde geen militaire acties tegen het nieuwe keizerrijk. 2419-2420: De Krig Oorlog breekt uit, een strijd tussen de Crayven Corporation en de Order of the New Dawn op de afgelegen planeet Krig-7b. Wat begon als een strijd wie zich op de planeet mocht vestigen als kolonie, loopt al snel uit tot een race om miljoenen jaren oude alien artifacten in handen te krijgen. Majoor Sarah Parker van de Crayven Corporation slaagt er in de grootste van de oude Xenofacten te vernietigen en begint hiermee een onbekende tragedie.