De campaigns van de The Frozen Throne pakken het verhaal op waar Warcraft III eindigde. De Burning Legion is verbannen van de wereld van Azeroth en de inwoners houden zich bezig met de "aftermath". Centraal in het verhaal staan Illidan Stormrage en Arthas, beide hebben namelijk hun eigen agenda overgehouden aan de oorlog en zijn uit naar meer macht.
De strijd wakkert op nadat de Nightelf Warden Maiev, haar jacht op Illidan opent!
Campaigning!Waar Warcraft III Reign of Chaos eindigde met de Nightelf campaign, start The Frozen Throne juist met de Nightelf campaign. Het is net alsof je niet bent weggeweest, de sfeer pakt je weer beet en voor dat je het weet baan je jezelf een weg door de eerste levels. Over het algemeen komen de nieuwe mi ies neer op het verplaatsen van eenheden in plaats van het bouwen en onderhouden van een basis. Hoewel deze mi ies er wel degelijk zijn, zijn ze sterk in de minderheid.
De 8 delige Nightelf campaign legt de basis beginselen voor wat er uiteindelijk zal gaan gebeuren. Er wordt uitgelegd wat er uiteindelijk geworden is van Gul'Dan en zijn zoektocht in de crypt van Sargeras. En wie de slangachtige wezens, de Naga, uit de Intro zijn.
Aan het einde van de Nightelf Campaign vloeit de strijd naadloos over naar de Human Campaign, of liever gezegd, de Bloodelf Campaign. Het verhaal van Prins Kael'thas en zijn innerlijke gevecht om zijn en zijn volks honger naar Magie te stillen voltrekt zich door de mi ies heen. De Bloodelf Campaigns worden ongeveer het zelfde opgebouwd als de Nightelf Campaigns, namelijk door eerst met je units het een en ander te slopen zonder de mogelijkheid te hebben een basis te bouwen. Naderhand blijkt dat je na een tijdje wel die mogelijkheid krijgt en gelukkig maar want gezien de hoeveelheid tegenstanders die je voorgeschoteld krijgt had het anders ondoenlijk geweest.
Als Prins Kael'thas een moeilijke keuze heeft gemaakt, is het de beurt aan de rottende lijken van de Undead Scourge. De Scourge Campaign begint aangenaam, je Hero, de zielloze Prins Arthas is namelijk al gelijk een level 10 Deathknight. Als de campaign zich echter bloot geeft, blijkt dat de krachten van de Prins wegebben terwijl hij vi ions krijgt van zijn meester, de bevroren troon, en je dus niet lang zal genieten van een makkelijke tocht. Uiteindelijk geraakt Arthas op Northrend, waar de laatste strijd om de bevroren troon zichzelf zal afspelen.
Helemaal los van de campaigns waarin het verhaal om de bevroren troon centraal staat, ligt de Orc Campaign. De Orcs maken geen deel uit van de strijd om de bevroren troon en blijven op Kalimdor gedurende de verhaal lijn. De Orc Campaign heeft meer de RPG elementen die Blizzard voor de release van ROC beloofd had. Je begint met één hero, Rexxor, en je vind een vechtende en later stervende Orc. Deze Orc geeft je een bericht dat je moet afgeven aan zijn Warlord Thrall. Je zult in deze campaign niet in staat zijn om iets te bouwen. Wel kan je als je genoeg geld bij elkaar hebt gesprokkeld een aantal units aanschaffen die je dan helpen op de Mainmap van deze campaign. Wel een minpunt is dat je deze units niet mee kunt nemen in de grot en eiland mi ies. Vooral de unit die je kunt gebruiken om extra relics/items op te slaan is niet erg handig als je hem niet mee kunt nemen in één van de onderaardse mi ies. De Orc Campaign blijkt eindeloos, totdat je na een tamelijk taaie mi ie de woorden, To be continued ziet staan. De rest van de Orc Campaign zal gratis te downloaden zijn op de Blizzard webpage of via het auto updaten van Battlenet.