Red Faction 2 speelt zich net als het eerste deel af op Mars in de 22e eeuw. Je hoeft het eerste deel niet gespeeld te hebben om het verhaal te begrijpen, en de rode mijnen uit deel één zijn dan ook in geen velden of wegen meer te bekennen. Dit keer speel je namelijk niet Parker, maar Alias, een met nanotechnologie versterkte supersoldaat. Samen met je andere supercollega's vorm je een team, dat in het leven is geroepen door de fascistische dictator Sopot om de Red Faction te bestrijden. Jij en je team keren zich echter tegen Sopot en gaan samen met de Red Faction de strijd aan tegen een onophoudelijke stroom van fascistisch kanonvoer. Halverwege het spel krijgt het verhaal nog een plotwending, maar veel spannender dan het bovengenoemde wordt het niet.

Waar het dus op neer komt is dat er weer veel vijanden moeten worden afgemaakt en dat doe je natuurlijk met een breed scala aan exotische wapens. Een speciale rol is weer weggelegd voor de rocket launcher, waarmee je je een weg kunt banen door de deuren die niet open willen en muren die kapot geschoten moeten worden. Van dit hele Geo-Mod idee is echter nog minder te merken dan in de eerste Red Faction. Zo komt het geregeld voor dat je op zoek bent naar die ene muur die de ontwikkelaars voor je in gedachten hadden en dit leidt dus vaker tot frustratie dan tot ongekende vrijheid. De gebruikelijke shotguns, machineguns en sniperrifles zijn ook allemaal van de partij en een leuk aardigheidje is dat je twee pistolen of uzi's tegelijk vast kunt houden.

Al deze wapens zul je hard nodig hebben, want aan de actie komt nooit een eind. Rustig de tijd nemen kun je meestal ook niet, omdat de vijanden overal om je heen uit deurtjes lijken te komen (lees: spawnen), wat er voor zorgt dat je non-stop aan het lopen en schieten bent. De levels te voet worden afgewi eld door levels waarbij je in een voertuig zit en hiervoor geldt eigenlijk hetzelfde. Bovendien worden sommige voertuigen door een teammate bestuurd, wat het spel veranderd in een simpele rail-shooter; schuif je toetsenbord aan de kant en klik met je muis op alles wat beweegt.

Deze teammates komen zo nu en dan achter je aan hollen, maar het leeuwendeel van het spel speel je alleen. Je teammates gaan niet snel dood, maar verwacht ook niet dat ze heel nuttig zullen zijn. Wanneer je ergens een bom moet planten geven ze je cover en wanneer de elektronische switch van een deur gehacked moet worden komt je collega van intelligence eraan, maar dit voelt erg scripted en het is dan ook absoluut niet de AI die er voor zorgt. De AI van de tegenstanders is helaas ook niet om over naar huis te schrijven. Ze rennen af en toe weg om ergens te schuilen, maar komen vervolgens niet meer tevoorschijn. Een welgemikt granaatje doet dan de rest. Het merendeel van je tegenstanders blijft echter gewoon stilstaan en de uitzonderlijke gevallen dat je dood bent gegaan zijn meestal dan ook het gevolg van de gigantische overmacht die tegenover je staat. Tegenstanders kunnen aardig wat kogels hebben, maar helaas zie je nauwelijks bloed vloeien waardoor soms moeilijk in te schatten is of je iemand raakt of niet. Ook jammer is dat een dode tegenstander in luttele seconden verdwijnt, en er dus totaal geen sporen zijn van het bloedbad dat je zojuist hebt aangericht.