In Evil Genius neem je de rol aan van een crimineel mastermind, een man met een mi ie, met een doel. En dat doel is de gemeenste criminele persoon ter wereld worden, met een eigen doomsday device. Je hebt in het begin van de game keuze uit drie verschillende criminelen, van een kale dwerg tot een rijke verwende dame. Ongeacht je keus, het doel blijft hetzelfde: Laat de wereld sidderen met je doomsday device!
Als je de eerste keer Evil Genius speelt, word je uitstekend door het spel heen geleid. De basisconcepten worden besproken, waarvoor er kamers zijn en zelfs hoe je in de basis een val aansluit. Om het allemaal nog duidelijker te maken, worden de meest belangrijke zaken uitgelegd met behulp van filmpjes. Na de filmpjes houdt het op met de informatie. Er zijn geen gedetailleerde statistieken beschikbaar meer, de gemiddelde tevredenheid van je personeel wordt niet meer geshowd en ook het aangeven van het aantal maal dat valstrik is afgegaan is taboe. Wel houdt het spel totale gemiddeldes bij, maar detailinformatie ontbreekt.
Het spelen van Evil Genius is hoofdzakelijk verdeeld tu en twee onderdelen, de Island map, met daarop je basis, en de world map. Je basis is, hoe logisch, je geheime uit-een-berg-gehakte-hoofdkwartier. Dit is de basis waar je onderdanen – in de game je 'minions' genoemd - kunnen rusten, onderzoek doen en ondersteuning geven aan mensen in het veld. In Evil Genius kun je de minions niet zelf besturen, je kunt alleen je Evil Genius zelf en je henchman besturen. Je henchman is een soort superunit, een zware ninja of een rus die gek is op explosieven. Door je 'fame' te laten stijgen krijg je meerdere henchmen, hoe je aan fame komt wordt verderop besproken. Omdat je minions niet zelf kunt besturen, kun je prioriteiten geven aan bepaalde kamers, of opdrachten geven. Hoe snel een dergelijk opdracht wordt uitgevoerd hangt af van het aantal beschikbare minions, al doet de AI zijn werk meestal uitmuntend.
Als beginnende Evil Genius start je natuurlijk met een kleine basis, die later uitgebreid wordt met bijvoorbeeld wapens en cellen, een opleidingsruimtes en staffruimtes voor minios om te ontspannen. Je hebt een groot aantal verschillende ruimtes nodig om je basis compleet te maken, en zeker in het begin ben je constant bezig je basis uit te breiden.