Deus Ex, wat in het Latijn zoiets betekend als: verbannen god, is het laatste meesterwerk van Ion Storm. Na het tegenvallende Daikatana moest dit de titel zijn die de naam van deze studio zou gaan vestigen in de gameswereld. Of dat gelukt is met deze RPG FPS kan je nu gaan lezen

In de toekomst zijn er weer allemaal problemen in de wereld. Naast een enorme criminaliteit, terrorisme en chaos is er een nieuw probleem opgedoken genaamd “Gray Death”. Deze ziekte veroorzaakt enorme sterftecijfers in alle grote steden en mensen die geïnfecteerd raken met de ziekte sterven langzaam en erg pijnlijk. Gelukkig is er een vaccin ontwikkeld door een Amerikaans bedrijf genaamd VersaLife. Het vaccin draagt de naam Ambrosia en niemand weet hoe het wordt gemaakt, maar omdat het in zulke kleine hoeveelheden wordt geproduceerd wordt er vermoed dat de ingrediënten allemaal zeer zeldzaam zijn.

De speler wordt in deze chaotische wereld geïntroduceerd als de rekruut JC Denton van UNATCO, oftewel United Nations Anti-Terrorist Coalition. Er wordt een zending Ambrosia gestolen door de grootste terroristenorganisatie ter wereld, de National Secessionist Forces, ook bekend onder NSF. Tijdens het spel moet je de vermiste zending opsporen (hoe onverwacht ) en daarbij ontdek je vele complotten, overheidsbemoeienissen en samenzweringen waarbij je band met de UNTACTO op de proef wordt gesteld.