De Wii-afstandsbediening lijkt perfect om first-person shooters mee te besturen, maar in de praktijk valt dit ernstig tegen. Hier komt verandering in, want volgens Nintendo heeft Metroid Prime 3 de beste first-person-besturing op enig platform ooit. Samus bestuur je met de Nunchuk en richten gaat volledig met de afstandsbediening. Je kunt nog altijd op vijanden locken door de Z-knop in te drukken, maar nieuw is dat je dan nog volledige vrijheid in het richten hebt. Je hoeft dus niet per se te schieten op de vijanden waar je op gelocked staat.
Metroid Prime 3: Corruption is het einde van een trilogie. Het spel speelt zich zes maanden na Metroid Prime 2 af, en de computers van de Galactische Federatie zijn plots allemaal corrupt geworden door een virus. De Federatie denkt dat ruimtepiraten achter het virus zitten en ze schakelt premiejagers in om het uit te zoeken, waaronder onze heldin Samus. Als de premiejagers samen richting de Federatie gaan, blijkt toch dat het niet piraten zijn die de computers hebben overgenomen. Het is Samus' aartsvijand Dark Samus.
Iedereen dacht dat Dark Samus dood was, dus het is een grote verra ing wanneer ze weer vrolijk ellende veroorzaakt. Zonder enige moeite verslaat de slechterik alle premiejagers, inclusief Samus. Tijdens het gevecht is iedereen echter geraakt met het corrupte en schadelijke element Phazon. Laat het nou net zijn dat ze allemaal Phazon Enchacement Devices bij zich hebben, en die corruptie kunnen gebruiken voor nieuwe krachten.
Die nieuwe krachten klinken positief, maar dit valt vies tegen. De Phazon neemt namelijk langzaam de controle over Samus lichaam. Langzaam maar zeker wordt ze corrupt, maar dat ligt aan hoeveel ze van haar nieuwe krachten gebruik maakt. Ze kan in ieder geval niet bij de pakken neer gaan zitten, want Dark Samus verspreidt Phazon in allerlei planeten door middel van gigantische Phazon-zaden, genaamd Leviathans. De oorlog is begonnen.
Samus heeft in ieder geval al haar oude krachten weer. Van de Power Beam tot de Morph Ball en de Scan Visor. Deze hulpmiddelen zijn weer eens niet compleet aan het begin van het spel, maar bouw je tijdens het spel op. Een nieuwe kracht die Samus heeft gekregen is de Hypermode. In Hypermode kan Samus Phazon vernietigen en zijn haar wapens ook tegen vijanden veel krachtiger. Nadeel is dat haar levensmeter daalt bij het gebruiken van de kracht. Tevens neemt ze een kans om volledig overgenomen te worden door de Phazon. Dan zal ze volledig corrupt zijn en in handen van Dark Samus vallen.
Samus zal weer naar allerlei planeten moeten reizen om daar de Phazon te vernietigen..En natuurlijk zal ze het weer tegen haar aartsvijand op moeten nemen. Een episch gevecht tu en Samus en Dark Samus.