Het verhaal? Gas Power Games heeft kritieken van fans ter harte genomen, die aanhaalden dat het verhaal in het eerste deel niet diep genoeg was en de speler het te druk had met vechten om in het verhaal opgezogen te worden, aldus lead designer Kevin Lambert. Voor Dungeon Siege 2 is er dan ook een nieuwe schrijver aangetrokken om het verhaal vorm te geven. Om de speler niet uit de spelwereld te trekken zullen cut-scenes weergegeven worden door de ingame engine.
Een stukje geschiedenis. De Elfen (met Force powers?) wordt lang geleden een oud artefact toevertrouwd, om het uit handen van de grootmacht The Empire te houden. Het relikwie bezit grote krachten, waarmee de Elfen nieuwe toverspreuken ontwikkelen. Sommige genezend, andere offensief ter verdediging van het dorp. In de loop van de tijd vormt een groep nieuwsgierige Elfen een gilde die de mogelijkheden van de duistere machten deelden en deze met het artefact probeerden op te roepen. Zoals je ook geen sigaar moet opsteken in een vuurwerkfabriek, gaat dit op een gegeven moment mis: een Death Magic spreuk kaatst terug richting de gebruiker en vermoordt de helft van de leden uit het gilde. De resterende helft verkeert op dat moment in een ondode toestand. Geen van de Elfen kan hen genezen en omwille van het dorp, worden zij verbannen naar een bos. De ondoden worden de Vai'kesh (Elfs voor slechte geest) genoemd en het bos wordt tot Vai'kesh Forest gedoopt. De duistere macht in de bannelingen groeit en trekt alles om hen heen mee naar de duistere krachten. De dierlijke inwoners van het bos transformeren langzaam tot moordlustige beesten.
Bovenstaand stuk is slechts een beschrijving van de voorgeschiedenis van een van de locaties uit het spel. Meer locaties en NPC's zullen een eigen achtergrond meekrijgen om het Dungeon Siege universum breed te houden en de speler het gevoel te geven dat hij een onderdeel is van een groter geheel.
Naast een dieper verhaal met samenvallende quests, zijn er nieuwe toevoegingen op de gameplay om de speler te blijven boeien tijdens Dungeon Siege 2. Er is opnieuw gekozen de speler niet teveel met micromanagement op te schepen. Sterkere wapens worden automatisch in handen genomen en in je inventaris krijgen vergelijkbare wapens een duidelijk icoon mee, waarmee aangeduid wordt of het een zwak of sterk wapen is. Zo kan de speler in één oogopslag zien welke spullen te verkopen, gebruiken of aan een partylid te geven. De 'pak alle achtergelaten voorwerpen op'-knop is er nog. Om het 'looten' intere ant te houden, zullen er twee keer zoveel zeldzame en unieke voorwerpen in het spel door monsters achtergelaten worden. Nieuw in Dungeon Siege 2 zijn de Set Items, die alle Diablo 2 fans bekend in de oren zullen klinken. Set Items geven cumulatieve bonu en wanneer je een character met meerdere stukken uit de Set uitdost. De wandelende stash (ook wel bekend als 'muilezel') doet zijn herintrede, dus je hoeft je geen zorgen te maken over eventueel ruimtegebrek.