Submerged speelt zich af in een overwoekerde stad die om mysterieuze redenen onder water is gelopen. Spelers nemen de rol aan van Miku, die met haar gewonde broertje de stad verkent op zoek naar medicijnen en benodigde voorraden. Hiervoor maakt ze gebruik van een bootje om te varen en een telescoop om de omgeving te bekijken.
Langzaam maar zeker ontdekt ze echter ook de geheimen achter de overstroming en de inwoners, wat misvormde zeewezens zijn, terwijl je als speler te weten komt waar Miku en Taku vandaan komen en hoe ze bij deze stad uit zijn gekomen.
In Submerged is het niet mogelijk om dood te gaan, omdat de focus volgens de ontwikkelaar ligt op het beleven van een ontspannende ervaring. De soundtrack in het spel wordt verzorgd door de Batfa Award-winnende Jeff van Dyk, bekend van onder andere de soundtrack van de Total War-spellen.