De game wordt verder ontwikkeld door een interne Nintendo-studio. Een belangrijke toevoeging in Mario Kart voor Nintendo 3DS is die van deltavliegers die de speler kan gebruiken om te vliegen. Als de speler over een schans racet wordt de deltavlieger automatisch gebruikt. Ook zijn er races waarbij de speler juist onder water racet. Daarnaast kan de speler zijn kart naar eigen wens aanpa en voordat de race start, door cha is, wielen en deltavlieger te selecteren.
