Het verhaal van Resonance of Fate speelt zich af in een wereld die verwoest is door dodelijke gassen. De enige plek op aarde waar men kan overleven is in een gebouw genaamd Basel, dat als stad functioneert voor de inwonenden. Het gebouw purificeert de gassen voor een deel. De speler bestuurt helden Vashyron, Zephyr en Leanne.