Puzzle Quest 2 valt te vergelijken met de puzzelgame Bejeweled, maar dan met RPG-invloeden. De speler lost puzzels op met een personage die omhoog kan gaan in zijn levels en verschillende spreuken en wapens tot zijn beschikking heeft om de tegenstanders uit te schakelen. Een nieuwe toevoeging aan Puzzle Quest 2 is een overkoepelende wereld waarin het personage zelf bestuurd kan worden.