De PSP-versie bevat alle content van de eerder uitgebrachte versies, waaronder de Tournament- en Endurance-modus, maar voegt hier een Elite-modus met lastigere gevechten maar betere beloningen aan toe.
Een belangrijke verandering in Puzzle Quest 2, ten opzichte van het eerste deel, is dat de spelwereld minder abstract is weergegeven. Ook nieuw zijn de actietegels tijdens het puzzelen. Hiermee kunnen spelers, als zij genoeg actiepunten verzameld hebben, wapens en voorwerpen die zij vinden tijdens hun avontuur gebruiken tijdens hun gevechten.