De game combineert Level 5's Professor Layton-serie met Capcom's Phoenix Wright-reeks. Het verhaal moet de werelden van beide games bij elkaar brengen. In het spel krijgt het jonge meisje Espella last van heksen, terwijl ze zelf ook wordt beschuldigd van heksenarij. Layton helpt haar bij het overwinnen van de heksen, terwijl Phoenix Wright wordt ingehuurd om haar te verdedigen.