Het tweede deel laat spelers tussen vier Pokémon wisselen; naast Pikachu zijn ook Oshawott, Snivy en Tepig speelbaar. Ieder van hen heeft een unieke vaardigheid, zo is Snivy sneller en in staat om hoger te springen dan de andere drie. Het doel in PokéPark is om enkele verdwenen Pokémon terug te vinden en te ontdekken wie hiervoor verantwoordelijk is.