Pokédex 3D is een digitale versie van de Pokédex waarin spelers alle Pokémon uit Pokémon Black en White kunnen verzamelen. De applicatie levert informatie over deze wezens, zoals wanneer ze evolueren en welke vaardigheden ze in welk level leren. Pokédex 3D wordt geleverd met zestien Pokémon. De Pokémon zijn elk in 3D te bekijken en kunnen via augmented reality-technieken in 3D-foto's worden geplaatst.

Pokémon worden verzameld door QR-codes te scannen of door data uit te wisselen met andere Pokémon-liefhebbers. Pokédex 3D maakt daarbij gebruik van SpotPass en StreetPass. Via SpotPass kunnen spelers dagelijks maximaal drie nieuwe Pokémon verzamelen. Het uitwisselen van data met vrienden gaat hoogstwaarschijnlijk via StreetPass werken, al is dat nog niet door Nintendo bevestigd.