PixelJunk Shooter 2 bevat drie nieuwe werelden en introduceert tevens een online modus. De ontwikkeling van de game duurde volgens de ontwikkelaar iets langer dan verwacht doordat ze veel nieuwe elementen wilden toevoegen. Na het voltooien van de game moest PixelJunk Shooter 2 ook goedgekeurd worden voor de PlayStation Store, maar inmiddels is dat gebeurd en is de game klaar voor lancering, aldus Sony.