Het is volgens Miyamoto erg moeilijk de verschillende Pikmin, hun bewegingen en locaties via een internetverbinding door te geven. Dat heeft het team doen besluiten om zich te concentreren op de singleplayer en de lokale multiplayer.

Miyamoto praat daarnaast over de keuze om de game voor Wii U te ontwikkelen, aangezien Pikmin 3 eerst een Wii-titel zou worden. Volgens hem is de game niet fundamenteel veranderd door de overstap. "We zagen de CPU-kracht en HD-resolutie van Wii U en we dachten dat dat het beste platform voor de game zou zijn, aangezien je [via de GamePad] de hele kaart kunt zien."