SEGA zegt de Phantasy Star reeks nog lang niet vaarwel en keert begin 2006 terug met een nieuw deel in de serie, Phantasy Star Universe geheten. Het spel wordt ditmaal zowel voor de PC als voor de Playstation 2 ontwikkeld en kan ook op beide platformen online. Naast een uitgebreide multiplayer mode kent Phantasy Star Universe echter ook een ongeveer 40 uur durende, en volgens SEGA ook behoorlijk onderhoudende, singleplayer optie.

Het verhaal in de singleplayer optie speelt in op Ethan Waber, een 17 jaar oude jongen die die zijn zus wil redden van een planeet die strak onder de duim wordt gehouden door een ras dat "The Seed" heet. De online optie geeft de speler de kans om op drie verschillende planeten te doen en laten wat hij of zij wil.